交大-Illumina联合项目组
    上海交通大学-Illumina公司合作于2010年在上海交通大学Bio-X研究院建立Illumina全基因组关联分析新技术示范合作实验室。实验室拥有Illumina全系列基因芯片分型平台，包括全基因组SNP分型芯片、表达谱芯片、甲基化芯片等平台，同时也拥有开发全新基因芯片的技术能力。在该实验室将利用基因芯片技术开展多种复杂疾病致病机理的研究，并为新药研发和个体化医疗等药物基因组学研究奠定基础。

交大-昂飞联合项目组
    上海交通大学-Affymetrix公司合作于2008年在上海交通大学Bio-X研究院建立Affymetrix中国区官方实验室。实验室拥有Affymetrix全系列基因芯片分型平台，包括全基因组SNP分型芯片、表达谱芯片、甲基化芯片等平台，同时也拥有开发全新基因芯片的技术能力。在Affymetrix中国区官方实验室将利用基因芯片技术开展多种复杂疾病致病机理的研究，并为新药研发和个体化医疗等药物基因组学研究奠定基础。

交大-罗氏联合项目组
    与罗氏制药有限公司合作项目始自2003年，该合作项目的研究目的是寻找双相情感障碍和精神分裂症相关的易感基因研究。

交大-阿斯利康联合项目组
    上海交通大学-阿斯利康制药有限公司合作项目的研究目的是寻找精神分裂症的易感基因。这个研究项目分为两个阶段进行：第一阶段的研究内容是应用200个精神分裂症受累同胞对家系筛查与该疾病连锁的候选区域。第二阶段的研究内容是应用高密度的单核苷算多态标记对第一阶段研究中得到的候选区域进行精细分析或对区域内的候选基因进行关联分析，所采用样品为1000个精神分裂症患者和1000个与之匹配的正常对照。
    迄今已经得到了约216,000个微卫星多态标记分型结果和近1,000,000个SNP基因分型结果。上海交通大学-阿斯利康制药有限公司合作研究拥有独特的高通量实验平台和分析技术，我们的研究结果将为精神分裂症的新药研发和个体化医疗等药物基因组学研究奠定基础。

欧盟玛丽居里科研人员国际交流计划

    欧盟玛丽居里科研人员国际交流计划（属于欧盟第七架构计划）资助的精神疾病转化研究项目“精神病和孤独症的遗传学、基因组学和神经生物学”于2012年1月1开始执行。项目将通过搭建来自中国、美国和欧盟成员的跨学科课题组间的合作平台，促进国际合作、知识传播、学科交叉和培育创新。

爱尔兰国立大学高威分校合作计划

    爱尔兰国立大学高威分校建于1845年，在生物医学的研究领域保持着欧洲及世界领先地位，第九任现任爱尔兰总统和现总理毕业于该校并为该校教授。双方框架协议的签署为两校在生物医学领域的进一步强强合作奠定了基础。

Applied Biosystems新一代测序技术合作实验室

伯齐科技富鲁达基因分析平台中国联合示范实验室

Roche Applied Science NimbleGen 芯片示范实验室

     上海交大Bio-X研究院与罗氏NimbleGen共同成立罗氏NimbleGen中国首家示范实验室。这意味着罗氏NimbleGen在中国与科研力量的紧密结合，使NimbleGen芯片技术更贴近中国科研人员的需求，从而推动中国芯片研究应用领域的发展。

安捷伦基因组学合作示范实验室

    2011年4月13日，上海--安捷伦科技公司与上海交通大学Bio-X研究院共同合作成立“Bio-X-安捷伦基因组学合作示范实验室”。双方将以基因组学为基础广泛开展蛋白质组学、代谢组学和转化医学等相关学科全面合作。

凯杰生物转化医学合作示范实验室

    2012年3月23日, 凯杰公司与上海交通大学Bio-X研究院签订合作协议，在上海合作成立一个转化医学示范实验室。这是凯杰与中国大型研究机构联合成立的首个转化医学合作平台，也是该公司进入转化医学这一新兴领域的一个重要里程碑。