中国科学院上海生命科学研究院营养科学研究所
复旦大学生物医学研究院
芜湖市第四人民医院
无锡市精神卫生中心
上海市精神卫生中心
精神神经科学与系统代谢组学研究所
精神神经科学与系统代谢组学研究所由上海交通大学Bio-X研究院和长宁区精神卫生中心联手打造，经上海交通大学(人)字2006-29号文件批准，于2006年3月30日正式签约挂牌。新成立的“精神神经科学与系统代谢组学研究所”隶属于上海交通大学Bio－X研究院。研究院将集医疗、防治、科研、教学为一体，以精神、心理卫生为主要研究对象，并积极建成若干特色学科，起到在国内、国际进行学术交流和开展科学研究平台的作用。
Bio-X研究院附属医院
2006年，上海交通大学Bio-X研究院与长宁区绿地医院之间正式达成协议，以长宁区绿地医院为基础共同组建上海交通大学Bio-X研究院附属医院。冠名后的Bio-X研究院附属医院将是由400多张病床构成的以研究和治疗精神疾病为主的专科医院。今后的重点将围绕“转化医学(Translational Medicine)”开展工作。
Bio-X研究院海内外军团同学会
在李大伟同学的倡议下、刘万清出任了第一届Bio-X研究院海内外军团同学会会长。于2007年成立的海内外军团同学会是积极促进Bio-X研究院发展的民间团体，起到了有机地连接海内外“Bio-X人”的作用。同学会的信念是“用上海交大Bio-X研究院的品牌作用促进中华民族振兴”。
