先后毕业于浙江工业大学和浙江大学，曾随密西根大学张建之教授从事博士后研究。其研究主要利用计算和实验相结合的手段研究基因产物(RNA和蛋白质等)多样性的演化意义及其在物种适应环境中和人类疾病中的作用和机制。涉及领域包括：基因功能与调控研究、生物信息学、比较/进化基因组学、系统生物学、病原真菌学、人类疾病、组学大数据、机器学习等。论文发表于Cell Syst., PLoS Biol., Mol. Biol. Evol., Cell Rep., Nat. Rev. Genet.等国际知名期刊。Natl. Sci. Rev., Nat. commun., Mol. Biol. Evol., iScience等多本期刊审稿人；JGG、Phenomics、Brain-X等多本期刊青年编委；主持国自然青年/面上项目等。

基因组学研究已表明：一个基因由于可变的转录起始、剪接、终止等原因可以产生不同的RNA；酶的编辑和修饰可以使RNA的碱基甚至序列发生变化，最终可以导致翻译的蛋白质发生改变；RNA在翻译中还可能由于可变的翻译起始和终止等原因产生不同的蛋白质。可见，同一个基因在转录和翻译中可以产生大量不同的RNA或蛋白质分子。这种基因产物多样性究竟是精细的基因调控还是基因表达过程中的错误？一些研究表明，在某些情况下部分基因产物多样性似乎是有益的，这也是大部分研究者支持的适应性假说；然而，通过基因组水平的分析，我们发现分子错误假说更适合于解释基因产物多样性，即：多样的基因产物主要源自于基因表达过程中的错误，多数是无功能甚至有害的。本实验室围绕人类的健康与疾病，基于多组学数据，利用分子/细胞生物学、生物信息学、演化基因组学等多种干湿结合的实验手段，开展基因产物多样性的理论、机制以及应用研究，具体包括以下三方面：

(1)丰富和完善基因产物多样性的分子错误理论，探索其背后的基因组水平规律和演化机制，

(2)解析基因产物多样性稳态失衡在疾病(例如焦虑/抑郁/阿尔茨海默病/癌症)发生发展中的作用和机制，

(3)挖掘在物种适应环境中起着关键作用的非典型基因产物(例如致病真菌对环境的适应)。

1.  Sarker, B., Zhou, T., Deng, X., Zhang, L., Zhao, X., Huang, W., Yi, H., Jiang, H., & Xu, C. (2026). APAdeg enhances differentially expressed gene inference by leveraging site-specific signals in APA-seq data. Briefings in Bioinformatics, 27(3), bbag295.

2. Mi, K., Guan, L., Sarker, B., Song, S., Zhou, T., Yi, H., Zhang, J. & Xu, C. (2026). Transcript diversity reflects deleterious RNA processing errors shaped by population size in metazoans. PLOS Biology, 24(3), e3003671.

3. Zhou, T., Li, Z., Huang,W., Zhou, E., Jiang, Y., Bai, Y., Xu, C., Lu, W., Su, K., Xu, C., Yi, H. (2025). Genome-Wide Analyses Identify circAQR, A circular RNA Suppressing Proliferation but Promoting Migration and Invasion in Thyroid Cancer. npj Precision Oncology, 9(1), 171.

4.  Li, Z., Mi, K., & Xu, C. (2025). Most m5C modifications in mammalian mRNAs are nonadaptive. Molecular Biology and Evolution, msaf008.

5.  Li, Z., Sarker, B., Zhao, F., Zhou, T., Zhang, J., & Xu, C. (2024). COL: a method for identifying putatively functional circular RNAs. Journal of genetics and genomics, 51(11), 1338. 

6.  Zhang, J., & Xu, C. (2022). Gene product diversity: adaptive or not?. Trends in Genetics.

7.  Xu, C., & Zhang, J (2021) Mammalian circular RNAs result largely from splicing errors. Cell Reports, 36:109439.

8.  Xu, C., & Zhang, J. (2020). Mammalian alternative translation initiation is mostly nonadaptive. Molecular Biology and Evolution. Mar 7. pii: msaa063. doi: 10.1093/molbev/msaa063.

9.  Xu, C., & Zhang, J. (2020) A different perspective on alternative cleavage and polyadenylation. Nature Review Genetics., doi: 10.1038/s41576-019-0198-z

10.  Xu, C., Park, J. K., & Zhang, J. (2019). Evidence that alternative transcriptional initiation is largely nonadaptive. PLoS biology, 17(3), e3000197.

11.  Xu, C., & Zhang, J. (2018). Alternative Polyadenylation of Mammalian Transcripts Is Generally Deleterious, Not Adaptive. Cell systems. 6 (6), 734-742.e4