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胥川

博士,长聘教轨副教授,研究组长,博导

博士后 (2017-2020) 密西根大学安娜堡分校

博士 (2013-2017) 浙江大学,密西根大学安娜堡分校

硕士 (2010-2013) 浙江工业大学,浙江大学

学士 (2006-2010) 浙江工业大学



Email:chuanx@at@sjtu.edu.cn (需去除:at@)

实验室网址:https://gpd.sjtu.edu.cn/XuLab/index.html

个人介绍

  先后毕业于浙江工业大学和浙江大学,其研究主要利用计算和实验相结合的手段研究基因产物(RNA和蛋白质等)多样性的演化意义及其在物种适应环境中和人类疾病中的作用和机制。涉及领域包括:基因功能与调控研究、生物信息学、比较/进化基因组学、系统生物学、病原真菌学、人类疾病、组学大数据、机器学习等。论文发表于Cell Syst., PLoS Biol., Mol. Biol. Evol., Cell Rep., Nat. Rev. Genet.等国际知名期刊。Natl. Sci. Rev., Nat. commun., Mol. Biol. Evol., iScience等多本期刊审稿人;JGG、Phenomics、Brain-X等多本期刊青年编委;主持国自然青年/面上项目等。

研究方向


一个基因在其RNA转录和加工过程中,由于可变转录起始、可变多聚腺苷酸化、可变剪接(包括反向剪接)、RNA编辑与修饰等分子事件,而产生多种RNA异构体的现象称之为RNA变异或多样性。这种RNA变异究竟是精细的基因调控还是基因表达过程中的错误?一些研究表明,在某些情况下部分RNA变异似乎是有益的,这也是大部分研究者支持的适应性假说;然而,通过基因组水平的分析,我们发现分子错误假说更适合于解释RNA变异的原因,即:RNA变异主要源自于基因表达过程中的错误,多数是无功能甚至有害的。本实验室围绕人类的健康与疾病,基于多组学数据,利用分子/细胞生物学、生物信息学、演化基因组学等多种干湿结合的实验手段,开展RNA变异的演化与功能研究,具体包括以下四方面:

(1)丰富和完善RNA变异的分子错误假说,探索其背后的基因组水平规律和演化机制,

(2)开发功能性RNA变异发掘的新方法/算法/流程,

(3)解析RNA变异在疾病中(例如焦虑/抑郁/阿尔茨海默病/癌症)的作用和机制,

(3)挖掘在物种适应环境中起着关键作用的RNA变异(例如致病真菌对环境的适应)。



代表性论文

1.  Sarker, B., Zhou, T., Deng, X., Zhang, L., Zhao, X., Huang, W., Yi, H., Jiang, H., & Xu, C. (2026). APAdeg enhances differentially expressed gene inference by leveraging site-specific signals in APA-seq data. Briefings in Bioinformatics, 27(3), bbag295.

2. Mi, K., Guan, L., Sarker, B., Song, S., Zhou, T., Yi, H., Zhang, J. & Xu, C. (2026). Transcript diversity reflects deleterious RNA processing errors shaped by population size in metazoans. PLOS Biology, 24(3), e3003671.

3. Zhou, T., Li, Z., Huang,W., Zhou, E., Jiang, Y., Bai, Y., Xu, C., Lu, W., Su, K., Xu, C., Yi, H. (2025). Genome-Wide Analyses Identify circAQR, A circular RNA Suppressing Proliferation but Promoting Migration and Invasion in Thyroid Cancer. npj Precision Oncology, 9(1), 171.

4.  Li, Z., Mi, K., & Xu, C. (2025). Most m5C modifications in mammalian mRNAs are nonadaptive. Molecular Biology and Evolution, msaf008.

5.  Li, Z., Sarker, B., Zhao, F., Zhou, T., Zhang, J., & Xu, C. (2024). COL: a method for identifying putatively functional circular RNAs. Journal of genetics and genomics, 51(11), 1338. 

6.  Zhang, J., & Xu, C. (2022). Gene product diversity: adaptive or not?. Trends in Genetics.

7.  Xu, C., & Zhang, J (2021) Mammalian circular RNAs result largely from splicing errors. Cell Reports, 36:109439.

8.  Xu, C., & Zhang, J. (2020). Mammalian alternative translation initiation is mostly nonadaptive. Molecular Biology and Evolution. Mar 7. pii: msaa063. doi: 10.1093/molbev/msaa063.

9.  Xu, C., & Zhang, J. (2020) A different perspective on alternative cleavage and polyadenylation. Nature Review Genetics., doi: 10.1038/s41576-019-0198-z

10.  Xu, C., Park, J. K., & Zhang, J. (2019). Evidence that alternative transcriptional initiation is largely nonadaptive. PLoS biology, 17(3), e3000197.

11.  Xu, C., & Zhang, J. (2018). Alternative Polyadenylation of Mammalian Transcripts Is Generally Deleterious, Not Adaptive. Cell systems. 6 (6), 734-742.e4